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MacBookちゃんのOS更新した。
1回目のYubikeyでのログインは問題なかったけど、Lockしてから再度ログインしようとしたらSmartcard Initalization Errorと言われ、Yubikeyが挿さってなくてもPIN要求される状況でハマった。
強制再起動で直ったけど "ついにAppleやりやがったな？" と思った。
違うYubikeyを挿して認証すると、Login KeychainのUnlockのためにパスワードを要求される問題がずっと残ってて、このあたりはAppleのやる気のなさが伺える。
ちなみに連続で同じYubikey使う分には問題ない。